Thanh tra thuế kiểm tra những gì? Doanh nghiệp cần chuẩn bị những hồ sơ nào?

Thanh tra thuế và kiểm tra thuế khác nhau như thế nào?

Thanh tra thuế và kiểm tra thuế đều là hoạt động quản lý thuế nhằm đánh giá việc chấp hành pháp luật thuế của doanh nghiệp. Tuy nhiên, hai hoạt động này có sự khác nhau về mục đích, phạm vi và trường hợp áp dụng. Theo Luật Quản lý thuế 2019, kiểm tra thuế và thanh tra thuế được quy định tại Chương XIII của Luật.

Theo Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế có thể được thực hiện trong nhiều trường hợp như kiểm tra trước hoàn thuế, có dấu hiệu vi phạm pháp luật, được lựa chọn theo kế hoạch hoặc chuyên đề, cũng như một số trường hợp doanh nghiệp chia, tách, sáp nhập, giải thể, chấm dứt hoạt động...

Trong khi đó, Điều 113 Luật Quản lý thuế 2019 quy định các trường hợp thanh tra thuế, trong đó có trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, giải quyết khiếu nại, tố cáo, yêu cầu quản lý thuế dựa trên kết quả phân loại rủi ro hoặc theo kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước, Thanh tra Nhà nước và cơ quan có thẩm quyền.

Như vậy, có thể hiểu đơn giản rằng kiểm tra thuế thường tập trung vào việc rà soát, đối chiếu và đánh giá hồ sơ, chứng từ, số liệu thuế trong những nội dung cụ thể, còn thanh tra thuế có tính chất chuyên sâu hơn và được thực hiện trong những trường hợp pháp luật quy định.

Khi nào cơ quan thuế kiểm tra doanh nghiệp?

Cơ quan thuế có thể kiểm tra hoặc thanh tra doanh nghiệp dựa trên kế hoạch quản lý thuế, mức độ rủi ro hoặc những dấu hiệu bất thường trong quá trình kê khai, nộp thuế. Do đó, doanh nghiệp không nên chỉ chuẩn bị hồ sơ khi nhận được thông báo mà cần duy trì hệ thống kế toán, hóa đơn và chứng từ đầy đủ ngay từ đầu.

Một số trường hợp doanh nghiệp có thể được cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra gồm:

• Theo kế hoạch và đánh giá rủi ro: Cơ quan thuế thực hiện phân tích, đánh giá mức độ rủi ro về thuế để lựa chọn người nộp thuế vào kế hoạch kiểm tra, thanh tra theo quy định. Những doanh nghiệp có mức độ rủi ro cao có thể được đưa vào diện kiểm tra, thanh tra.

• Doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro về thuế: Chẳng hạn doanh nghiệp kê khai số liệu có biến động bất thường, doanh thu và chi phí không hợp lý, phát sinh giao dịch đáng chú ý hoặc có những dấu hiệu cần được cơ quan thuế xác minh, làm rõ.

• Trước khi doanh nghiệp giải thể, chấm dứt hoạt động: Trong một số trường hợp, cơ quan thuế có thể kiểm tra việc chấp hành nghĩa vụ thuế trước khi doanh nghiệp hoàn tất thủ tục giải thể, chấm dứt hoạt động.

• Khi doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế: Một số hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế. Khi đó, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, chứng từ để chứng minh tính hợp lệ của số thuế đề nghị hoàn.

• Theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền: Kiểm tra, thanh tra thuế cũng có thể được thực hiện theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền hoặc xuất phát từ việc giải quyết khiếu nại, tố cáo và các trường hợp khác theo quy định pháp luật.

Ngoài các trường hợp trên, pháp luật còn quy định về thanh tra lại. Theo khoản 2 Điều 120 Luật Quản lý thuế 2019, việc thanh tra lại có thể được thực hiện trong một số trường hợp như: có vi phạm nghiêm trọng về trình tự, thủ tục thanh tra; có sai lầm trong việc áp dụng pháp luật; kết luận thanh tra không phù hợp với chứng cứ thu thập được; người ra quyết định thanh tra cố ý làm sai lệch hồ sơ hoặc kết luận trái pháp luật; hoặc có dấu hiệu vi phạm pháp luật của đối tượng thanh tra nhưng chưa được phát hiện đầy đủ.

Thanh tra thuế kiểm tra những gì? Doanh nghiệp cần chuẩn bị những hồ sơ nào?

Nội dung kiểm tra, thanh tra thuế sẽ phụ thuộc vào tình hình hoạt động, ngành nghề kinh doanh và phạm vi được xác định trong quyết định kiểm tra, thanh tra. Tuy nhiên, trên thực tế, doanh nghiệp thường cần rà soát kỹ các khoản mục kế toán có sự liên quan trực tiếp giữa sổ kế toán, báo cáo tài chính, hóa đơn và tờ khai thuế.

Dưới đây là 12 nội dung doanh nghiệp nên chủ động kiểm tra và chuẩn bị phương án giải trình:

1. Số dư TK 133 không khớp với tờ khai thuế GTGT

2. Số phát sinh TK 511 không khớp với doanh thu trên tờ khai thuế GTGT

3. Số dư TK 3331 không khớp với tờ khai thuế GTGT

4. Doanh thu được ghi nhận nhưng không có giá vốn tương ứng

5. Giá vốn cao hơn giá bán

6. Tình hình bán phế liệu thu hồi

7. Dư nợ tài khoản 331

8. Dư Có tài khoản 131

9. Hàng tồn kho có giá trị lớn

10. Số dư hàng tồn kho không khớp với bảng tổng hợp nhập – xuất – tồn

11. Số dư TK 242 không khớp với sổ theo dõi công cụ dụng cụ

12. Số dư TK 211 và 214 không khớp với sổ tài sản cố định

Thứ tự kiểm tra các loại thuế của cơ quan thuế

Trong quá trình kiểm tra thuế, cơ quan thuế có thể rà soát nhiều sắc thuế khác nhau tùy theo tình hình hoạt động, ngành nghề kinh doanh và nội dung kiểm tra của từng doanh nghiệp. Vì vậy, doanh nghiệp nên chủ động chuẩn bị hồ sơ theo từng nhóm thuế để việc cung cấp tài liệu và giải trình số liệu được thuận lợi hơn.

Dưới đây là những nhóm hồ sơ doanh nghiệp nên rà soát và chuẩn bị khi cơ quan thuế thực hiện kiểm tra:

Thuế giá trị gia tăng (GTGT)

Thuế GTGT thường liên quan trực tiếp đến hóa đơn đầu vào, đầu ra và số liệu kê khai thuế. Doanh nghiệp nên sắp xếp hồ sơ theo từng kỳ để dễ dàng đối chiếu khi được yêu cầu. Các tài liệu cần chuẩn bị gồm:

• Hóa đơn GTGT đầu vào, đầu ra và tờ khai thuế GTGT tương ứng.
• Danh sách các hóa đơn đã kê khai có sai sót hoặc có vấn đề cần giải trình, kèm bảng tổng hợp chi tiết.
• Trường hợp hóa đơn bị mất bản gốc, chuẩn bị hồ sơ, biên bản hoặc văn bản liên quan đến việc mất hóa đơn đã gửi cơ quan thuế.
• Đối với hóa đơn đầu ra bị hủy, chuẩn bị bản sao hóa đơn và biên bản hoặc hồ sơ hủy hóa đơn theo quy định.
• Đối với các giao dịch thuộc trường hợp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, chuẩn bị đầy đủ chứng từ thanh toán qua ngân hàng hoặc hình thức thanh toán hợp lệ.
• File Excel tổng hợp số liệu kê khai thuế để thuận tiện đối chiếu giữa hóa đơn, sổ kế toán và tờ khai.

Doanh nghiệp nên đặc biệt rà soát sự thống nhất giữa doanh thu trên hóa đơn, tờ khai GTGT và sổ sách kế toán, đồng thời kiểm tra các hóa đơn điều chỉnh, thay thế hoặc hủy để có hồ sơ giải trình đầy đủ.

Thuế thu nhập cá nhân (TNCN)

Đối với thuế TNCN, cơ quan thuế thường tập trung kiểm tra tiền lương, tiền công, việc khấu trừ và kê khai thuế của người lao động. Do đó, hồ sơ nhân sự và hồ sơ tiền lương cần được lưu trữ đầy đủ, thống nhất với số liệu đã kê khai.

Doanh nghiệp nên chuẩn bị:

• Hợp đồng lao động và các phụ lục hợp đồng liên quan.
• Bảng lương, bảng tính thu nhập và file Excel tổng hợp tiền lương.
• Chứng từ thanh toán tiền lương cho người lao động.
• Hồ sơ khấu trừ và chứng từ khấu trừ thuế TNCN theo từng trường hợp.
• Hồ sơ đăng ký người phụ thuộc, giảm trừ gia cảnh và các giấy tờ chứng minh theo quy định.
• Hồ sơ ủy quyền quyết toán thuế TNCN của người lao động.
• Hồ sơ liên quan đến lao động nước ngoài như hộ chiếu, giấy phép lao động, thị thực hoặc các giấy tờ cư trú phù hợp với từng trường hợp.
• Các tài liệu liên quan đến khoản thu nhập khác ngoài tiền lương, tiền công nếu có.

Doanh nghiệp cần đối chiếu giữa hợp đồng lao động, bảng lương, chứng từ chi lương và tờ khai TNCN để hạn chế chênh lệch số liệu trong quá trình kiểm tra.

Thuế xuất nhập khẩu

Đối với doanh nghiệp có hoạt động xuất nhập khẩu, cơ quan thuế có thể kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ hàng hóa, tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán và nghĩa vụ thuế liên quan. Hồ sơ nên được chuẩn bị theo từng lô hàng hoặc từng giao dịch, bao gồm:

• Hợp đồng ngoại thương và bản dịch tiếng Việt nếu cần.
• Hồ sơ, tài liệu liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu.
• Tờ khai hải quan xuất khẩu, nhập khẩu.
• Hóa đơn thương mại, chứng từ vận chuyển và các chứng từ liên quan.
• Chứng từ nộp thuế xuất nhập khẩu.
• Chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với các giao dịch liên quan.
• Hồ sơ chứng minh nguồn gốc, xuất xứ hàng hóa nếu thuộc trường hợp cần cung cấp.

Việc sắp xếp hồ sơ theo từng tờ khai hoặc từng lô hàng sẽ giúp doanh nghiệp dễ dàng đối chiếu giữa hợp đồng, hóa đơn, tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán và số liệu kế toán.

Thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB)

Nếu doanh nghiệp sản xuất, nhập khẩu hoặc kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế TTĐB, cần chuẩn bị riêng hồ sơ liên quan đến việc xác định, kê khai và nộp loại thuế này. Một số tài liệu cần rà soát gồm:

• Hồ sơ chứng minh số thuế TTĐB đã nộp ở khâu trước trong trường hợp được khấu trừ theo quy định.
• Tờ khai thuế TTĐB và chứng từ nộp thuế.
• Hồ sơ, chứng từ liên quan đến hàng hóa chịu thuế ở khâu nhập khẩu và bán ra trong nước.
• Bảng tổng hợp doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế TTĐB đã bán ra.
• Hóa đơn và chứng từ liên quan đến việc mua vào, sản xuất, nhập khẩu và tiêu thụ hàng hóa chịu thuế.

Doanh nghiệp nên kiểm tra lại cách xác định doanh thu tính thuế, số thuế phải nộp và số thuế được khấu trừ trước khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra.

Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

Thuế TNDN thường liên quan trực tiếp đến doanh thu, chi phí, lợi nhuận và các khoản được xác định khi tính thu nhập chịu thuế. Vì vậy, đây thường là nhóm hồ sơ đòi hỏi doanh nghiệp chuẩn bị tương đối đầy đủ và có hệ thống. Doanh nghiệp nên rà soát:

• Sổ sách kế toán, chứng từ kế toán và báo cáo tài chính của các kỳ được kiểm tra.
• Chứng từ thu, chi, nhập, xuất và các phiếu kế toán liên quan.
• Hợp đồng mua bán hàng hóa, dịch vụ và bảng giá hàng hóa, dịch vụ.
• Hồ sơ tài sản cố định, chứng từ mua sắm và hồ sơ liên quan đến việc quản lý tài sản.
• Hồ sơ ngân hàng, sao kê và chứng từ giao dịch.
• Hồ sơ tiền lương, quyết định lương và các khoản chi liên quan đến người lao động.
• Quyết định và bảng tính khấu hao tài sản cố định.
• Bảng phân bổ chi phí, doanh thu và các khoản chi phí liên quan.
• Biên bản xử lý, hủy hàng hỏng, hàng tồn kho và hồ sơ kiểm kê kho.
• Biên bản kiểm kê quỹ, biên bản nghiệm thu và các tài liệu chứng minh chi phí thực tế phát sinh.
• Hồ sơ đối chiếu công nợ, quyết định xử lý công nợ và các văn bản đôn đốc, thu hồi công nợ nếu có.
• Hồ sơ pháp lý của doanh nghiệp và các giấy tờ liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Đặc biệt, doanh nghiệp cần rà soát những khoản chi phí có giá trị lớn, chi phí dễ bị loại khi tính thuế TNDN, các khoản trích khấu hao, chi phí lương, chi phí công tác, chi phí tiếp khách và các khoản công nợ khó thu để chủ động chuẩn bị hồ sơ chứng minh.

Thuế kiểm tra doanh nghiệp như thế nào? Quy trình và thời hạn

Về cơ bản, một cuộc kiểm tra, thanh tra thuế tại doanh nghiệp được thực hiện theo một trình tự nhất định, từ khâu lập kế hoạch, ban hành quyết định đến tiến hành kiểm tra và đưa ra kết luận.

• Lập kế hoạch và thông báo: Cơ quan thuế lập danh sách doanh nghiệp thuộc diện kiểm tra và thông báo theo quy định.

• Ra và gửi quyết định: Cơ quan thuế gửi quyết định thanh tra, kiểm tra cho doanh nghiệp trong vòng 03 ngày làm việc và công bố trong vòng 10 ngày kể từ ngày ký. Theo khoản 3, 4 Điều 114 Luật Quản lý thuế, quyết định thanh tra phải được công bố chậm nhất 15 ngày kể từ ngày ra quyết định.

• Tiến hành tại doanh nghiệp: Đoàn kiểm tra làm việc, yêu cầu doanh nghiệp giải trình và đối chiếu số liệu, chứng từ. Trường hợp có lý do chính đáng, doanh nghiệp có thể làm văn bản đề nghị lùi thời gian.

• Kết luận: Theo Điều 119 Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp nhận báo cáo kết quả thanh tra chậm nhất sau 15 ngày, trừ trường hợp phải chờ kết luận chuyên môn của cơ quan có thẩm quyền.

Kết luận thanh tra thuế thường gồm các nội dung: đánh giá việc tuân thủ pháp luật thuế, kết luận về các nội dung được thanh tra, xác định mức độ và trách nhiệm vi phạm (nếu có), đồng thời xử lý vi phạm hành chính theo quy định.

Quy định về thời gian và tần suất thanh tra, kiểm tra thuế

Luật Quản lý thuế không quy định một thời gian và tần suất cố định áp dụng cho tất cả doanh nghiệp. Việc thanh tra, kiểm tra được thực hiện dựa trên kế hoạch quản lý thuế, nội dung cần kiểm tra và mức độ rủi ro của từng doanh nghiệp.

Nếu doanh nghiệp không thuộc trường hợp vi phạm hoặc không được lựa chọn theo kế hoạch thì thông thường không bị thanh tra, kiểm tra quá 01 lần trong một năm. Tuy nhiên, tùy từng trường hợp cụ thể, cơ quan thuế vẫn có thể thực hiện thanh tra, kiểm tra theo các căn cứ và trường hợp được pháp luật quy định.

Vào cuối năm, cơ quan thuế lập danh sách các doanh nghiệp thuộc diện thanh tra, kiểm tra theo kế hoạch và thông báo trước để doanh nghiệp có thời gian chuẩn bị hồ sơ, sổ sách, hóa đơn, chứng từ và các tài liệu liên quan.

Do đó, doanh nghiệp nên chủ động duy trì hệ thống hồ sơ kế toán, thuế đầy đủ và sắp xếp khoa học để có thể cung cấp, giải trình số liệu khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra.

CÂU HỎI THƯỜNG GẶP

1. Thanh tra thuế và kiểm tra thuế có giống nhau không?

Không. Thanh tra thuế và kiểm tra thuế đều nhằm đánh giá việc chấp hành pháp luật thuế của doanh nghiệp nhưng có phạm vi và tính chất khác nhau.

Kiểm tra thuế thường tập trung vào một số hồ sơ, kỳ tính thuế hoặc nội dung cụ thể, trong khi thanh tra thuế có phạm vi và nội dung chuyên sâu hơn, thường được thực hiện trong những trường hợp có dấu hiệu rủi ro, vi phạm hoặc theo kế hoạch quản lý thuế.

2. Khi nào cơ quan thuế kiểm tra doanh nghiệp?

Cơ quan thuế có thể kiểm tra doanh nghiệp theo kế hoạch dựa trên đánh giá, phân loại mức độ rủi ro về thuế. Ngoài ra, doanh nghiệp có thể thuộc diện kiểm tra khi có dấu hiệu bất thường, trước khi giải thể hoặc chuyển đổi, khi thực hiện thủ tục hoàn thuế hoặc theo đơn thư, yêu cầu và chỉ đạo của cơ quan có thẩm quyền.

3. Thanh tra thuế thường kiểm tra những gì?

Nội dung thanh tra thuế thường tập trung vào việc đối chiếu số liệu giữa sổ sách kế toán, báo cáo tài chính và tờ khai thuế. Cơ quan thuế có thể rà soát các tài khoản và khoản mục liên quan như: TK 133, 511, 3331, doanh thu, giá vốn, công nợ TK 131, 331, hàng tồn kho, công cụ dụng cụ TK 242, tài sản cố định TK 211, 214, cùng hồ sơ, chứng từ của từng sắc thuế.

4. Bao lâu doanh nghiệp bị kiểm tra thuế một lần?

Pháp luật không quy định một khoảng thời gian cố định áp dụng cho tất cả doanh nghiệp. Việc thanh tra, kiểm tra phụ thuộc vào kế hoạch quản lý thuế, mức độ rủi ro và từng trường hợp cụ thể. Đối với doanh nghiệp không có vi phạm và không thuộc diện lựa chọn theo kế hoạch, thông thường không bị kiểm tra quá 01 lần trong một năm.

5. Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì khi cơ quan thuế kiểm tra?

Doanh nghiệp nên chủ động chuẩn bị đầy đủ hồ sơ kế toán, hóa đơn, chứng từ, sổ sách, tờ khai thuế và các tài liệu liên quan đến hoạt động kinh doanh. Đồng thời, cần rà soát sự thống nhất giữa số liệu trên hóa đơn, sổ kế toán, báo cáo tài chính và hồ sơ khai thuế để có thể giải trình rõ ràng khi cơ quan thuế yêu cầu.

Giải pháp kế toán thuế toàn diện cho doanh nghiệp từ Khôi Nguyên

Thanh tra, kiểm tra thuế là hoạt động quản lý thuế mà doanh nghiệp có thể gặp trong quá trình hoạt động. Khi được cơ quan thuế yêu cầu cung cấp hồ sơ hoặc giải trình số liệu, việc có một hệ thống sổ sách kế toán đầy đủ, chứng từ được lưu trữ khoa học và số liệu giữa các kỳ thống nhất sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong quá trình làm việc.

Thay vì chỉ bắt đầu rà soát khi nhận được thông báo thanh tra, kiểm tra, doanh nghiệp nên thường xuyên kiểm tra tình trạng sổ sách, hóa đơn, chứng từ và hồ sơ thuế để kịp thời phát hiện những sai sót, chênh lệch và có phương án xử lý phù hợp.

Khôi Nguyên cung cấp dịch vụ kế toán trọn gói, tư vấn thuế và hỗ trợ doanh nghiệp trong quá trình làm việc với cơ quan thuế. Đội ngũ chuyên môn hỗ trợ doanh nghiệp rà soát sổ sách, kiểm tra chứng từ, đối chiếu số liệu kế toán – thuế, chuẩn bị hồ sơ và hỗ trợ giải trình các nội dung liên quan khi cần thiết.

Với doanh nghiệp đang gặp khó khăn trong việc quản lý sổ sách, chưa có kế toán chuyên trách hoặc muốn kiểm tra lại tình trạng hồ sơ trước khi cơ quan thuế làm việc, việc chủ động rà soát từ sớm sẽ giúp hạn chế những rủi ro không đáng có.

Liên hệ Khôi Nguyên ngay hôm nay để được tư vấn về dịch vụ kế toán trọn gói, thuế và giải pháp phù hợp với tình hình hoạt động của doanh nghiệp.