18/08/2026
Thanh tra thuế là hoạt động của cơ quan quản lý thuế nhằm kiểm tra, đánh giá việc chấp hành pháp luật về thuế của doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân và các đối tượng thuộc diện quản lý thuế. Thông qua quá trình thanh tra, cơ quan thuế tiến hành kiểm tra hồ sơ khai thuế, chứng từ kế toán, hóa đơn, sổ sách, báo cáo tài chính cùng các thông tin, dữ liệu có liên quan để xác định việc kê khai và thực hiện nghĩa vụ thuế có đầy đủ, chính xác hay không.
Bên cạnh việc xác định số thuế phải nộp, thanh tra thuế còn giúp cơ quan quản lý thuế phát hiện và xử lý những trường hợp có dấu hiệu vi phạm như kê khai sai, khai thiếu doanh thu, sử dụng hóa đơn không hợp pháp, hạch toán chi phí không đúng quy định hoặc có hành vi trốn thuế, gian lận thuế.
Đối với doanh nghiệp, thanh tra thuế không đồng nghĩa với việc doanh nghiệp chắc chắn có sai phạm. Cơ quan thuế có thể lựa chọn doanh nghiệp để thanh tra dựa trên nhiều tiêu chí khác nhau, trong đó có mức độ rủi ro về thuế, dấu hiệu bất thường trong dữ liệu kê khai hoặc yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền.
Căn cứ Điều 113 Luật Quản lý thuế 2019, cơ quan thuế có thể tiến hành thanh tra đối với doanh nghiệp trong một số trường hợp nhất định nhằm kiểm tra việc chấp hành pháp luật về thuế, phát hiện và xử lý các hành vi vi phạm nếu có.
Doanh nghiệp có thể bị thanh tra thuế vì những lý do phổ biến sau:
Cơ quan thuế có thể tiến hành thanh tra doanh nghiệp khi phát hiện những dấu hiệu cho thấy doanh nghiệp có khả năng chưa tuân thủ đúng quy định về thuế, kế toán và hóa đơn, chứng từ. Một số dấu hiệu thường được xem xét gồm:
Không kê khai thuế hoặc kê khai không đầy đủ: Doanh nghiệp không kê khai các khoản doanh thu, thu nhập phát sinh hoặc kê khai thiếu nghĩa vụ thuế theo quy định.
Khai khống chi phí để giảm số thuế phải nộp: Đưa vào sổ sách những khoản chi phí không thực tế, không phục vụ hoạt động kinh doanh hoặc kê khai chi phí cao hơn thực tế nhằm làm giảm thu nhập chịu thuế.
Sử dụng hóa đơn giả, hóa đơn không hợp pháp: Doanh nghiệp sử dụng hóa đơn không hợp pháp, hóa đơn có dấu hiệu bất thường hoặc hóa đơn không phản ánh đúng giao dịch thực tế để kê khai thuế và hạch toán chi phí.
Lập báo cáo tài chính không trung thực: Số liệu trên báo cáo tài chính không phản ánh đúng tình hình hoạt động của doanh nghiệp, có sự sai lệch về doanh thu, chi phí, lợi nhuận, tài sản hoặc các khoản phải thu, phải trả.
Doanh nghiệp cũng có thể thuộc diện thanh tra khi cơ quan thuế tiếp nhận khiếu nại, tố cáo liên quan đến việc chấp hành pháp luật về thuế hoặc phát hiện dấu hiệu nghi ngờ doanh nghiệp có hành vi trốn thuế, gian lận thuế.
Trong trường hợp này, cơ quan thuế sẽ xem xét nội dung thông tin, đánh giá mức độ có căn cứ và thực hiện các biện pháp xác minh cần thiết. Nếu có cơ sở, doanh nghiệp có thể được đưa vào kế hoạch hoặc tiến hành thanh tra theo quy định.
Vì vậy, doanh nghiệp cần chủ động lưu trữ đầy đủ hợp đồng, hóa đơn, chứng từ, sổ sách kế toán và hồ sơ kê khai thuế để có cơ sở giải trình khi được cơ quan thuế yêu cầu.
Cơ quan thuế hiện áp dụng phương pháp quản lý thuế dựa trên phân tích rủi ro. Theo đó, dữ liệu về tình hình hoạt động, kê khai và thực hiện nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp có thể được phân tích để xác định mức độ rủi ro.
Những doanh nghiệp có nhiều dấu hiệu bất thường hoặc thuộc nhóm ngành, lĩnh vực có rủi ro cao về thuế có thể được đưa vào diện xem xét, kiểm tra hoặc thanh tra.
Chẳng hạn, doanh nghiệp có doanh thu biến động lớn nhưng số thuế phải nộp thấp bất thường, thường xuyên phát sinh giao dịch có giá trị lớn, số liệu kê khai có sự chênh lệch hoặc có các khoản doanh thu, chi phí cần làm rõ có thể được cơ quan thuế đánh giá ở mức độ rủi ro cao hơn.
Thông thường, vào cuối năm, cơ quan thuế sẽ xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế cho năm tiếp theo dựa trên kết quả phân tích, đánh giá mức độ rủi ro của từng doanh nghiệp. Việc lựa chọn đối tượng thanh tra không chỉ dựa vào quy mô mà còn căn cứ vào tình hình chấp hành pháp luật thuế và những dấu hiệu bất thường trong quá trình hoạt động.
Theo đó, các doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro cao về thuế như phát sinh giao dịch đáng ngờ, doanh thu hoặc khoản thu chưa minh bạch, kê khai có nhiều bất thường, sử dụng hóa đơn có dấu hiệu rủi ro hoặc có nghi vấn về việc kê khai, nộp thuế có thể được ưu tiên đưa vào diện xem xét. Bên cạnh đó, cơ quan thuế cũng có thể xem xét các doanh nghiệp theo quy mô lớn, vừa, nhỏ và siêu nhỏ, tùy thuộc vào kế hoạch và mức độ rủi ro được đánh giá trong từng thời kỳ.
Một trong những nguyên nhân khiến doanh nghiệp có thể được cơ quan thuế đưa vào diện kiểm tra, thanh tra là hồ sơ khai thuế có sai sót hoặc xuất hiện những thông tin bất thường. Một số trường hợp thường gặp gồm:
Cơ quan thuế có thể phân tích dữ liệu hoạt động của doanh nghiệp để đánh giá mức độ rủi ro về thuế. Những dấu hiệu bất thường có thể khiến doanh nghiệp được đưa vào diện xem xét gồm:
Hóa đơn và chứng từ là những tài liệu quan trọng để chứng minh doanh thu, chi phí và nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp. Vì vậy, việc sử dụng hoặc quản lý hóa đơn, chứng từ không đúng quy định có thể làm gia tăng rủi ro thuế.
Một số dấu hiệu thường được cơ quan thuế lưu ý gồm:
Không phải mọi trường hợp doanh nghiệp bị thanh tra đều xuất phát từ việc doanh nghiệp đã có hành vi vi phạm. Cơ quan thuế có thể lựa chọn doanh nghiệp để thanh tra, kiểm tra dựa trên kế hoạch và kết quả phân tích, đánh giá rủi ro về thuế.
Theo đó, doanh nghiệp có thể được lựa chọn theo các tiêu chí quản lý rủi ro, trong đó có thể bao gồm cả trường hợp lựa chọn theo kế hoạch để đánh giá mức độ tuân thủ của người nộp thuế. Vì vậy, doanh nghiệp dù chưa phát hiện sai phạm vẫn có thể thuộc diện thanh tra, kiểm tra theo kế hoạch của cơ quan thuế.
Doanh nghiệp cũng có thể được cơ quan thuế xem xét thanh tra khi phát sinh thông tin khiếu nại, tố cáo hoặc phản ánh liên quan đến hành vi vi phạm pháp luật về thuế.
Thông tin có thể xuất phát từ nhiều nguồn khác nhau như khách hàng, đối tác hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Khi tiếp nhận thông tin, cơ quan thuế có thể tiến hành xác minh, đối chiếu hồ sơ và tài liệu liên quan. Nếu có cơ sở cho thấy doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm, cơ quan thuế có thể thực hiện thanh tra theo quy định.
Thời gian thanh tra thuế không cố định mà phụ thuộc vào cơ quan thực hiện thanh tra, nội dung và mức độ phức tạp của vụ việc. Doanh nghiệp cần phân biệt thời hạn thanh tra với thời gian cơ quan thuế xử lý các công việc liên quan sau thanh tra, bởi đây là những khoảng thời gian khác nhau.
Đối với cuộc thanh tra do Thanh tra Chính phủ thực hiện, thời hạn thanh tra thông thường không quá 60 ngày kể từ ngày công bố quyết định thanh tra. Nếu vụ việc có tính chất phức tạp, thời hạn có thể được gia hạn thêm một lần, tối đa 30 ngày. Trường hợp đặc biệt phức tạp, có thể được gia hạn thêm một lần nữa nhưng cũng không quá 30 ngày theo quy định.
Đối với cuộc thanh tra do Thanh tra Bộ, Thanh tra Tổng cục, Thanh tra Cục hoặc Thanh tra tỉnh thực hiện, thời hạn thanh tra thông thường không quá 45 ngày. Nếu nội dung thanh tra phức tạp, thời hạn có thể được gia hạn một lần, tối đa 30 ngày.
Đối với cuộc thanh tra do Thanh tra sở hoặc Thanh tra huyện thực hiện, thời hạn thanh tra thông thường không quá 30 ngày. Trong trường hợp gặp khó khăn do điều kiện địa lý, chẳng hạn tại khu vực miền núi, biên giới, hải đảo hoặc vùng sâu, vùng xa, thời hạn có thể được gia hạn một lần nhưng tối đa 15 ngày.
Tuy nhiên, đối với thanh tra thuế của cơ quan thuế, doanh nghiệp cần căn cứ vào quy định chuyên ngành về quản lý thuế và quyết định thanh tra cụ thể, không nên áp dụng máy móc thời hạn của Luật Thanh tra cho mọi trường hợp. Thời gian thực tế còn phụ thuộc vào nội dung, phạm vi, số kỳ thuế được thanh tra và tình hình hồ sơ, chứng từ của doanh nghiệp.
Khi nhận được quyết định thanh tra thuế, doanh nghiệp cần chủ động rà soát toàn bộ hồ sơ, sổ sách, chứng từ và dữ liệu kế toán trước khi cơ quan thuế tiến hành làm việc. Việc chuẩn bị đầy đủ, khoa học không chỉ giúp quá trình thanh tra diễn ra thuận lợi mà còn giúp doanh nghiệp phát hiện sớm những sai sót để có phương án xử lý phù hợp.
Trước hết, kế toán cần kiểm tra lại toàn bộ hồ sơ pháp lý của doanh nghiệp và các văn bản, công văn đi – đến có liên quan đến hoạt động kế toán, thuế. Các giấy tờ cần được phân loại, sắp xếp theo từng nhóm và từng thời kỳ để dễ dàng cung cấp khi cơ quan thuế yêu cầu.
Doanh nghiệp cũng nên rà soát những thay đổi về đăng ký kinh doanh, ngành nghề, địa điểm hoạt động, người đại diện theo pháp luật, vốn điều lệ và các thông tin khác có liên quan trong thời kỳ được thanh tra.
Kế toán cần tập hợp và sắp xếp chứng từ gốc theo từng tháng, quý và năm, đồng thời đối chiếu với các tờ khai thuế đã nộp. Việc sắp xếp khoa học giúp doanh nghiệp nhanh chóng tìm được hồ sơ khi cần giải trình từng nghiệp vụ phát sinh.
Mỗi bộ chứng từ nên có đầy đủ tài liệu chứng minh nghiệp vụ kinh tế thực tế, tùy từng trường hợp có thể bao gồm hóa đơn, hợp đồng, biên bản nghiệm thu, biên bản thanh lý, phiếu nhập kho, phiếu xuất kho, chứng từ thanh toán và các tài liệu liên quan khác.
Doanh nghiệp cũng cần kiểm tra tính đầy đủ, hợp pháp và thống nhất của chứng từ, đặc biệt là chữ ký, ngày tháng, thông tin bên mua – bên bán và nội dung nghiệp vụ. Trước khi thanh toán hoặc hạch toán, kế toán nên kiểm soát hồ sơ chặt chẽ để hạn chế phát sinh sai sót.
Sau khi rà soát hóa đơn và chứng từ gốc, kế toán cần kiểm tra lại cách hạch toán các nghiệp vụ kinh tế phát sinh trên phần mềm kế toán.
Cần đối chiếu giữa chứng từ gốc, hóa đơn, sổ kế toán và các tài khoản đã hạch toán để phát hiện những trường hợp ghi nhận sai doanh thu, chi phí, công nợ, hàng tồn kho hoặc các khoản phải thu, phải trả.
Đồng thời, doanh nghiệp nên đối chiếu thông tin hóa đơn với dữ liệu trên hệ thống hóa đơn điện tử để đảm bảo thông tin về số hóa đơn, ngày lập, giá trị, thuế suất và các nội dung liên quan được ghi nhận chính xác.
Doanh nghiệp nên tập hợp và sắp xếp toàn bộ hồ sơ khai thuế, báo cáo đã gửi cơ quan thuế theo từng năm và từng kỳ. Tùy phạm vi thanh tra, hồ sơ có thể bao gồm:
Tờ khai thuế GTGT theo tháng hoặc quý.
Hồ sơ liên quan đến hóa đơn điện tử và các báo cáo theo quy định tại từng thời kỳ.
Hồ sơ khai, tạm nộp và quyết toán thuế TNDN.
Hồ sơ khai và quyết toán thuế TNCN.
Báo cáo tài chính từng năm.
Hồ sơ quyết toán, hoàn thuế và các hồ sơ thuế khác nếu doanh nghiệp có phát sinh.
Đối với sổ sách kế toán, cần sắp xếp theo từng năm và đảm bảo đầy đủ các sổ kế toán có liên quan đến phạm vi thanh tra. Đồng thời, doanh nghiệp nên đối chiếu số liệu trên sổ kế toán với báo cáo tài chính và các tờ khai thuế đã nộp.
Các hợp đồng đầu vào và đầu ra cần được phân loại, sắp xếp theo thời gian hoặc theo từng nhóm đối tượng để thuận tiện cho việc tra cứu. Với mỗi hợp đồng, doanh nghiệp nên kiểm tra các tài liệu đi kèm như biên bản nghiệm thu, biên bản bàn giao, biên bản thanh lý, phiếu xuất nhập kho và chứng từ thanh toán nếu có.
Ngoài hợp đồng kinh tế, doanh nghiệp cũng cần chuẩn bị các hồ sơ liên quan đến nhân sự và tiền lương như hợp đồng lao động, phụ lục hợp đồng, quyết định bổ nhiệm, điều chuyển, tăng lương và hồ sơ nhân sự đi kèm.
Tùy tình hình hoạt động, doanh nghiệp cũng cần rà soát các hợp đồng thuê ngoài như hợp đồng thuê máy móc, thiết bị, vận chuyển, thuê kho, thuê dịch vụ và các hợp đồng khác có phát sinh chi phí trong kỳ thanh tra.
Kế toán cần tập hợp sổ phụ ngân hàng, chứng từ giao dịch và các tài liệu liên quan theo từng tài khoản, từng năm. Sau đó đối chiếu số liệu trên sổ phụ với sổ kế toán để đảm bảo các khoản thu, chi, chuyển khoản và số dư được ghi nhận đầy đủ.
Đặc biệt, cần kiểm tra các khoản thanh toán liên quan đến hóa đơn, hợp đồng, công nợ và những giao dịch có giá trị lớn để đảm bảo hồ sơ chứng minh giao dịch được lưu trữ đầy đủ.
Ngoài việc chuẩn bị hồ sơ, kế toán nên tiến hành kiểm tra tổng thể số liệu trước khi cơ quan thuế làm việc. Một số nội dung quan trọng cần rà soát gồm:
Đối chiếu số liệu giữa sổ chi tiết và sổ cái của các tài khoản.
Kiểm tra các nghiệp vụ kinh tế phát sinh, đối chiếu giữa hóa đơn đầu vào, đầu ra, chứng từ và sổ kế toán.
Kiểm tra doanh thu, giá vốn, chi phí và lợi nhuận giữa sổ kế toán, báo cáo tài chính và hồ sơ khai thuế.
Rà soát công nợ phải thu, phải trả và chuẩn bị hồ sơ đối chiếu công nợ với khách hàng, nhà cung cấp khi cần thiết.
Kiểm tra các khoản chi phí phải trả, chi phí trích trước và các khoản phân bổ.
Đối chiếu dữ liệu hóa đơn đầu vào, đầu ra với số liệu đã kê khai thuế.
Kiểm tra sự thống nhất giữa dữ liệu trên hóa đơn điện tử, bảng kê, sổ kế toán và báo cáo thuế.
Rà soát chữ ký, ngày tháng và thông tin trên hóa đơn, chứng từ, hợp đồng và các hồ sơ liên quan.
Kiểm tra những khoản chi phí có giá trị lớn hoặc có khả năng phát sinh vấn đề về điều kiện khấu trừ, tính vào chi phí được trừ hoặc chứng từ thanh toán.
Việc doanh nghiệp bị thanh tra thuế không đồng nghĩa với việc chắc chắn sẽ bị xử phạt. Tuy nhiên, nếu cơ quan thuế phát hiện doanh nghiệp có sai sót hoặc vi phạm trong quá trình thanh tra, doanh nghiệp có thể phải thực hiện thêm các nghĩa vụ tài chính và chịu những hình thức xử lý theo quy định.
Một số hậu quả doanh nghiệp có thể gặp phải gồm:
Bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế: Doanh nghiệp có thể bị phạt nếu phát hiện hành vi khai sai, khai thiếu, vi phạm quy định về hóa đơn, chứng từ hoặc các hành vi vi phạm khác.
Bị truy thu thuế: Nếu doanh nghiệp kê khai thiếu hoặc xác định chưa chính xác số thuế phải nộp, cơ quan thuế có thể xác định lại nghĩa vụ thuế và yêu cầu doanh nghiệp nộp bổ sung phần còn thiếu.
Phải nộp tiền chậm nộp: Đối với số tiền thuế phải nộp bổ sung, doanh nghiệp có thể phát sinh tiền chậm nộp theo thời gian và mức tính được pháp luật quy định.
Ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh: Những sai sót về thuế, kế toán, hóa đơn và chứng từ có thể ảnh hưởng đến uy tín của doanh nghiệp, quan hệ với khách hàng, đối tác và quá trình thực hiện các giao dịch kinh doanh.
Phát sinh thêm chi phí và thời gian xử lý: Khi hồ sơ kế toán, chứng từ chưa đầy đủ hoặc số liệu có nhiều sai lệch, doanh nghiệp có thể phải dành thêm nhân sự và thời gian để rà soát, bổ sung hồ sơ và giải trình với cơ quan thuế.
Do đó, doanh nghiệp nên chủ động kiểm soát sổ sách, chứng từ và nghĩa vụ thuế ngay từ đầu thay vì chỉ xử lý khi có quyết định thanh tra. Việc tổ chức công tác kế toán bài bản, kê khai đúng hạn và lưu trữ hồ sơ đầy đủ sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro và chủ động hơn khi làm việc với cơ quan thuế.
Nếu doanh nghiệp chưa có bộ phận kế toán riêng hoặc muốn giảm áp lực trong việc quản lý sổ sách, kê khai và báo cáo thuế, dịch vụ kế toán trọn gói của Khôi Nguyên là một giải pháp phù hợp. Khôi Nguyên hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện các công việc kế toán, thuế, báo cáo và rà soát hồ sơ theo nhu cầu, giúp doanh nghiệp có hồ sơ được quản lý khoa học và hạn chế những sai sót không đáng có.
Doanh nghiệp đang gặp vướng mắc về thuế, cần rà soát hồ sơ hoặc chuẩn bị giải trình khi cơ quan thuế thanh tra có thể liên hệ Khôi Nguyên qua hotline 097.8512.215 để được tư vấn và hỗ trợ.
