01/07/2026
Theo khoản 3 Điều 22 và Điều 52 Luật Quản lý thuế 2025 (áp dụng từ 01/07/2026), cơ quan thuế có thể tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong nhiều trường hợp như: hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước/sau hoàn, doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm, thuộc diện rủi ro cao, kiểm tra theo kế hoạch hoặc chuyên đề, theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền, phục vụ giải quyết khiếu nại tố cáo, hoặc các trường hợp miễn giảm thuế có rủi ro cao.
.png)
Để tránh bị động khi cơ quan thuế làm việc, doanh nghiệp cần chuẩn bị kỹ các nội dung sau:
Trước khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra, doanh nghiệp cần đảm bảo toàn bộ hệ thống hồ sơ được lưu trữ đầy đủ, khoa học và dễ truy xuất. Các tài liệu quan trọng bao gồm hóa đơn điện tử đầu vào – đầu ra, sổ sách kế toán tổng hợp và chi tiết, báo cáo tài chính qua các năm, tờ khai thuế các loại, hợp đồng kinh tế, biên bản nghiệm thu – thanh lý, chứng từ thanh toán ngân hàng, cũng như hồ sơ liên quan đến tài sản cố định và công nợ.
Điều quan trọng nhất là tính thống nhất giữa hóa đơn, sổ kế toán và tờ khai thuế. Bất kỳ sai lệch nào cũng có thể dẫn đến yêu cầu giải trình hoặc điều chỉnh số liệu.
Doanh nghiệp nên chủ động kiểm tra lại toàn bộ số liệu kế toán trước khi làm việc với cơ quan thuế. Nội dung rà soát cần tập trung vào tính chính xác của doanh thu, chi phí, nghĩa vụ thuế GTGT, thuế TNDN và các khoản công nợ.
Việc rà soát trước giúp doanh nghiệp phát hiện sớm sai sót và kịp thời điều chỉnh theo đúng quy định, tránh tình trạng bị động khi cơ quan thuế đặt câu hỏi hoặc yêu cầu giải trình.
Doanh nghiệp cần phân công người đại diện làm việc trực tiếp với cơ quan thuế, ưu tiên người có chuyên môn về kế toán – thuế và hiểu rõ hệ thống số liệu của doanh nghiệp. Người này cần nắm chắc quy trình hạch toán, số liệu báo cáo và có khả năng giải trình logic, nhất quán trong suốt quá trình làm việc.
Việc chuẩn bị đúng nhân sự giúp hạn chế tình trạng trả lời thiếu thống nhất hoặc sai thông tin, từ đó giảm rủi ro trong quá trình kiểm tra.
Trong quá trình thanh tra, cơ quan thuế có thể yêu cầu giải trình chi tiết hoặc bổ sung hồ sơ chứng minh tính hợp pháp của giao dịch. Doanh nghiệp cần chuẩn bị sẵn các tài liệu liên quan như hợp đồng kinh tế, chứng từ thanh toán, hồ sơ nhà cung cấp, khách hàng và các giải trình về dòng tiền.
Việc giải trình rõ ràng, có căn cứ pháp lý đầy đủ sẽ giúp doanh nghiệp nâng cao mức độ tin cậy và hạn chế nguy cơ bị ấn định thuế.
Doanh nghiệp cần phối hợp đầy đủ với cơ quan thuế trong quá trình kiểm tra, tuy nhiên việc cung cấp thông tin cần đúng phạm vi yêu cầu và có kiểm soát. Không nên thiếu hợp tác nhưng cũng không nên cung cấp thông tin ngoài phạm vi kiểm tra nếu không cần thiết.
Đối với những doanh nghiệp chưa có bộ phận kế toán chuyên sâu hoặc chưa có kinh nghiệm làm việc với cơ quan thuế, việc có đơn vị tư vấn đồng hành sẽ giúp quá trình kiểm tra diễn ra thuận lợi hơn. Đơn vị tư vấn có thể hỗ trợ rà soát hồ sơ, chuẩn bị giải trình và làm việc trực tiếp với cơ quan thuế khi cần thiết, từ đó giúp giảm thiểu rủi ro và áp lực cho doanh nghiệp.
Về nguyên tắc, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai trung thực, chính xác, nộp hồ sơ đúng hạn và tuân thủ đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định pháp luật.
Trước khi chuẩn bị hồ sơ, doanh nghiệp cần xác định rõ nội dung kiểm tra để tránh dàn trải hoặc thiếu trọng tâm. Các thông tin cần nắm gồm kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế hay tại trụ sở doanh nghiệp, niên độ kiểm tra là năm nào, và phạm vi cụ thể như thuế GTGT, thuế TNDN, thuế TNCN, hóa đơn, hoàn thuế hay giao dịch liên kết.
Việc xác định đúng phạm vi giúp doanh nghiệp chuẩn bị đúng trọng tâm, tránh thiếu sót hoặc xử lý lan man không cần thiết. Hiện nay, quy trình kiểm tra thuế được thực hiện theo Quyết định 970/QĐ-TCT năm 2023.
Doanh nghiệp cần tập hợp đầy đủ các hồ sơ pháp lý cơ bản như giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp và các lần thay đổi thông tin đăng ký (nếu có), điều lệ công ty, quyết định bổ nhiệm người đại diện pháp luật, giám đốc, kế toán trưởng hoặc phụ trách kế toán.
Ngoài ra, cần chuẩn bị hồ sơ đăng ký thuế, các giấy phép con đối với ngành nghề kinh doanh có điều kiện, cũng như hồ sơ liên quan đến chi nhánh, địa điểm kinh doanh, kho hàng hoặc văn phòng đại diện nếu có phát sinh trong quá trình hoạt động.
Một trong những nội dung quan trọng nhất là đối chiếu hệ thống tờ khai và báo cáo thuế với sổ sách kế toán thực tế. Doanh nghiệp cần rà soát tờ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng hoặc quý, tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế thu nhập cá nhân, cũng như tờ khai lệ phí môn bài, thuế nhà thầu nếu có phát sinh.
Đối với doanh nghiệp có hoạt động đặc thù, cần chuẩn bị thêm phụ lục giao dịch liên kết, hồ sơ thuế vãng lai, thuế tài nguyên, thuế tiêu thụ đặc biệt hoặc các sắc thuế khác theo ngành nghề kinh doanh.
Bên cạnh việc chuẩn bị đầy đủ giấy tờ, doanh nghiệp cần đảm bảo tính logic giữa hóa đơn, hợp đồng, chứng từ thanh toán và sổ sách kế toán. Mọi giao dịch cần có bản chất kinh tế rõ ràng, tránh tình trạng chỉ hợp lệ về hình thức nhưng không chứng minh được thực tế phát sinh.
Việc chuẩn bị càng minh bạch, càng dễ giải trình sẽ giúp doanh nghiệp giảm áp lực trong quá trình làm việc với cơ quan thuế và hạn chế rủi ro bị ấn định thuế hoặc xử phạt.
Khi chuẩn bị làm việc với cơ quan thuế, doanh nghiệp cần đối chiếu đồng bộ giữa tờ khai thuế, sổ kế toán, báo cáo tài chính, hóa đơn và chứng từ ngân hàng. Đây là nguyên tắc quan trọng để đảm bảo dữ liệu thống nhất và có thể giải trình xuyên suốt khi được yêu cầu.
Trong quá trình tự kiểm tra, nếu phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp có sai sót, doanh nghiệp cần thực hiện khai bổ sung theo quy định. Hiện nay, thời hạn khai bổ sung được áp dụng như sau: đến hết ngày 30/6/2026, thời hạn vẫn là 10 năm; từ ngày 01/7/2026 theo Luật Quản lý thuế 2025, thời hạn giảm còn 05 năm. Vì vậy, doanh nghiệp không nên để sai sót kéo dài mới xử lý.
Việc khai bổ sung cần thực hiện trước thời điểm cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền ban hành quyết định kiểm tra. Nếu quyết định kiểm tra đã được ban hành, doanh nghiệp cần xem xét phạm vi và kỳ kiểm tra để xử lý phù hợp, đồng thời nên chuẩn bị sẵn bảng giải trình chênh lệch để chủ động khi làm việc.
Doanh nghiệp cần đảm bảo bộ sổ kế toán được lưu trữ đầy đủ và nhất quán, bao gồm sổ nhật ký chung, sổ cái, sổ chi tiết công nợ, sổ quỹ tiền mặt, sổ tiền gửi ngân hàng, sổ kho và bảng nhập xuất tồn. Ngoài ra, cần có bảng phân bổ chi phí trả trước, bảng khấu hao tài sản cố định, bảng lương, bảng cân đối phát sinh và báo cáo tài chính đã nộp.
Đối với doanh nghiệp sản xuất, cần bổ sung thêm bảng tính giá thành và phân bổ chi phí sản xuất dở dang nếu có. Nguyên tắc quan trọng là số dư cuối kỳ trên sổ kế toán phải khớp với báo cáo tài chính.
Doanh nghiệp cần rà soát kỹ tính nhất quán giữa doanh thu ghi nhận trên hóa đơn, tờ khai thuế GTGT và sổ kế toán. Đồng thời kiểm tra các tình huống dễ sai sót như hóa đơn điều chỉnh, thay thế, hủy bỏ, xuất sai thời điểm hoặc doanh thu đã thu tiền nhưng chưa xuất hóa đơn.
Các khoản thu đặc thù như thu hộ, chi hộ, bồi thường, hỗ trợ, thanh lý tài sản, cho thuê tài sản hoặc bán phế liệu cũng cần được xử lý đúng bản chất thuế. Đây là nhóm rủi ro trực tiếp ảnh hưởng đến thuế GTGT và thuế TNDN.
Doanh nghiệp cần kiểm tra toàn bộ chi phí để đảm bảo đủ điều kiện tính vào chi phí hợp lý. Các yếu tố quan trọng gồm hóa đơn hợp pháp, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (nếu bắt buộc), tính liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh, và hồ sơ chứng minh như hợp đồng, nghiệm thu, phiếu nhập xuất, bảng kê hoặc đề nghị thanh toán.
Các khoản chi dễ bị loại thường là chi phí thiếu chứng từ, chi phí cá nhân, chi tiếp khách không chứng minh được mục đích, chi lương thiếu hồ sơ hoặc khấu hao tài sản không đủ điều kiện.
Cơ quan thuế thường đặc biệt quan tâm đến các khoản phải thu, phải trả treo lâu, không rõ đối tượng hoặc phát sinh với giám đốc, cổ đông và bên liên kết. Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán và biên bản đối chiếu công nợ, đặc biệt với các khoản lớn hoặc kéo dài.
Bên cạnh đó, cần rà soát dòng tiền trên sổ quỹ và ngân hàng để đảm bảo không có chênh lệch bất thường. Các khoản tiền từ giám đốc hoặc cổ đông cần xác định rõ bản chất là góp vốn, cho vay, tạm ứng hay thanh toán hộ để hạch toán đúng.
Doanh nghiệp cần kiểm tra tính hợp lý của số dư tiền mặt. Trường hợp tồn quỹ ảo lớn, trong khi vẫn phát sinh vay vốn và chi phí lãi vay, có thể dẫn đến rủi ro bị xem xét loại chi phí lãi vay nếu không chứng minh được mục đích sử dụng vốn và dòng tiền thực tế.
Tuy nhiên, không phải mọi trường hợp tồn quỹ cao đều bị loại chi phí, mà phụ thuộc vào khả năng chứng minh bản chất vay vốn và hoạt động sử dụng vốn của doanh nghiệp.
Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hợp đồng lao động, quyết định tuyển dụng, bảng chấm công, bảng lương, chứng từ thanh toán lương, hồ sơ đăng ký người phụ thuộc, hồ sơ khấu trừ thuế TNCN và hồ sơ bảo hiểm xã hội.
Cần đảm bảo sự thống nhất giữa chi phí lương hạch toán, bảng lương thực tế, số đã chi trả, số kê khai thuế TNCN và số tham gia bảo hiểm xã hội.
Hàng tồn kho là khu vực rủi ro cao khi kiểm tra thuế. Doanh nghiệp cần kiểm tra nhập xuất tồn, đối chiếu với hóa đơn, phiếu nhập xuất và kiểm kê thực tế. Các vấn đề như hàng âm kho, tồn kho ảo, hàng chậm luân chuyển hoặc hư hỏng chưa xử lý đều cần được rà soát kỹ.
Nếu số liệu sổ sách không phản ánh đúng thực tế, doanh nghiệp phải chuẩn bị đầy đủ hồ sơ giải trình như kiểm kê, định mức, phiếu xuất nhập, hoặc hồ sơ xử lý thiếu hụt, hư hỏng.
Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ tài sản cố định gồm hóa đơn mua, hợp đồng, biên bản bàn giao, quyết định đưa vào sử dụng, bảng khấu hao và hồ sơ thanh lý (nếu có). Với công cụ dụng cụ và chi phí trả trước, cần có bảng phân bổ rõ ràng, tránh phân bổ tùy tiện hoặc thiếu căn cứ.
Hợp đồng là căn cứ quan trọng để xác định bản chất giao dịch. Doanh nghiệp cần đảm bảo đầy đủ hợp đồng mua bán, dịch vụ, thuê tài sản, vay vốn, hợp đồng với cá nhân hoặc bên liên kết và hợp đồng ngoại thương nếu có.
Mỗi hợp đồng cần đi kèm phụ lục, nghiệm thu, thanh lý, chứng từ thanh toán và hóa đơn tương ứng để đảm bảo tính đầy đủ và hợp pháp.
Doanh nghiệp nên tự rà soát các điểm rủi ro như doanh thu lệch giữa hóa đơn và báo cáo tài chính, hóa đơn đầu vào có rủi ro, nhà cung cấp ngừng hoạt động, chi phí thiếu thanh toán ngân hàng, công nợ treo bất thường, giao dịch liên kết chưa kê khai hoặc các khoản vay không có hợp đồng.
Ngoài ra cần kiểm tra bảng cân đối phát sinh để phát hiện các vấn đề như tiền mặt âm quỹ, ngân hàng chưa phản ánh đúng bản chất, công nợ bất thường, tồn kho sai lệch hoặc tài sản chưa có hồ sơ đầy đủ.
Doanh nghiệp cần đảm bảo chứng từ đầy đủ chữ ký, đúng biểu mẫu và đúng bản chất nghiệp vụ như phiếu thu chi, phiếu nhập xuất, biên bản giao nhận, bảng lương, đề nghị thanh toán và hồ sơ quyết toán hợp đồng.
Trong quá trình làm việc, cần phân công một đầu mối đại diện để đảm bảo thống nhất thông tin, tránh trả lời rời rạc hoặc sai lệch. Khi chưa chắc chắn, doanh nghiệp có thể xin thời gian xác minh và phản hồi bằng văn bản thay vì trả lời vội.
Theo quy định tại Điều 15 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP), hành vi không chấp hành quyết định thanh tra, kiểm tra thuế hoặc không hợp tác trong quá trình kiểm tra có thể bị xử phạt hành chính.
Mức phạt áp dụng là từ 2.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với tổ chức nếu thuộc một trong các hành vi như không nhận quyết định thanh tra, kiểm tra thuế; không chấp hành quyết định kiểm tra quá thời hạn quy định; cung cấp hồ sơ, tài liệu chậm hoặc không đầy đủ theo yêu cầu; không ký biên bản kiểm tra, thanh tra đúng thời hạn.
Đối với cá nhân, mức phạt sẽ bằng 1/2 mức phạt của tổ chức, tức từ 1.000.000 đồng đến 2.500.000 đồng.
Ngoài tiền phạt, việc không hợp tác còn có thể dẫn đến việc cơ quan thuế áp dụng các biện pháp quản lý rủi ro cao hơn, tăng tần suất kiểm tra trong các kỳ tiếp theo hoặc ấn định thuế nếu không đủ căn cứ xác minh.
Trong quá trình kiểm tra thuế, người nộp thuế vẫn được pháp luật bảo đảm các quyền hợp pháp theo Luật Quản lý thuế 2025.
Doanh nghiệp có quyền được nhận đầy đủ thông báo, quyết định, biên bản và kết luận liên quan đến nội dung kiểm tra. Đồng thời có quyền giải trình, cung cấp bổ sung tài liệu và bảo lưu ý kiến nếu không đồng ý với kết luận của cơ quan thuế.
Ngoài ra, doanh nghiệp có quyền từ chối việc kiểm tra nếu không có quyết định kiểm tra hợp lệ, hoặc từ chối cung cấp những tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.
Doanh nghiệp cũng có quyền khiếu nại, khởi kiện, tố cáo hành vi vi phạm trong quá trình kiểm tra thuế và yêu cầu bồi thường nếu có thiệt hại theo quy định pháp luật.
Trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế, việc hiểu rõ quy định pháp luật và chuẩn bị hồ sơ đầy đủ sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn, hạn chế rủi ro và tránh các sai sót không đáng có. Quan trọng hơn, đây là giai đoạn cần sự cẩn trọng trong việc giải trình và phối hợp với cơ quan thuế để đảm bảo quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp.
Nếu doanh nghiệp của bạn đang gặp khó khăn khi chuẩn bị hồ sơ hoặc cần hỗ trợ làm việc với cơ quan thuế, Kế toán Thuế Khôi Nguyên sẵn sàng đồng hành, tư vấn và hỗ trợ xử lý trọn gói, giúp quá trình kiểm tra diễn ra minh bạch, đúng quy định và hiệu quả hơn.
